Auf Initiative von Dieter Geissbühler trifft sich ab 1996 eine Gruppe von Schreibenden, um Berichte für die Luzerner Tageszeitung Luzern heute und später für WoZ Luzern und das heutige 041 – Das Kulturmagazin zu verfassen. 2002 skizziert Gerold Kunz die Idee einer Architekturzeitschrift für den Raum Zentralschweiz. Der Verein Autorinnen und Autoren für Architektur AFA wird 2003 gegründet, mit dem Ziel, eine verbandsunabhängige, neutrale Zeitschrift herauszugeben, die sich vorab den engagierten Berufsleuten verpflichtet fühlt. Eine Zusammenarbeit mit regionalen Verbänden und Institutionen wird angestrebt. Zu den Gründungsmitgliedern zählen Gerold Kunz (Präsident), Ursula Mehr (Aktuarin), Dieter Geissbühler (Kassier), Trudi Dinkelmann, Gerti Kaspar, Cla Büchi, Tino Küng, Peter Omachen, Pino Pilotto, und Sepp Rothenfluh. Trudi Dinkelmann, Trägerin des Krienser Kulturpreises 2002, unterstützt das Projekt mit ihrem Preisgeld.
Am 25. August 2004 wird in der Meilihalle (SGV-Landungsbrücke 1) die erste Ausgabe präsentiert. Seit diesem Start liegt KARTON bis heute in 041 – Das Kulturmagazin bei. KARTON 1 berichtet auf 16 Seiten im A5-Format in Schwarzweiss (mit einem wechselnden Buntton) über Projekte aus allen sechs Zentralschweizer Kantonen. Um das bescheidene Format zu überwinden, sieht das Layout ein Poster in der Heftmitte vor. Die Texte stammen von den Gründungsmitgliedern von AFA. Die Grafik besorgt Tino Küng, und Ursula Mehr und Gerold Kunz leiten gemeinsam die Redaktion. Die Redaktionskommission besteht aus Dieter Geissbühler, Peter Omachen und Sepp Rothenfluh. Das Titelbild der ersten Ausgabe zeigt ein Projekt von Daniele Marques (mit Josef Reichlin), das Titelbild der Ausgabe 2 ein Projekt von Scheitlin Syfrig Architekten; Bauten der beiden damals wichtigsten Vertretern der Zentralschweizer Architektur.
Ab KARTON 4 beteiligt sich die HTA (heute HSLU T&A) an der Finanzierung von KARTON und präsentiert auf vier Seiten von Studierenden erarbeitete Schulprojekte. Der Umfang beträgt nun 20 Seiten. Ab 2012 (KARTON 23) berichten die Denkmalpflegfachstellen in KARTON. Auch sie unterstützen KARTON finanziell. Der Umfang beträgt nun 24 Seiten. Christian Schnieper nimmt in der Redaktion Einsitz. Nach Abgängen von Gründungsmitgliedern wird die Redaktion erstmals um jüngere Berufskolleginnen und Kollegen erweitert. Dominique Knüsel, Meret Speiser, Yvonne Birkendahl, Martina Borner, Simon Baumann, Cyrill Crétien, Andreas Gervasi, Stefan Kunz und Erich Vogler stossen dazu. Die Redaktionsleitung liegt bei Gerold Kunz.
Die Finanzierung zeigt sich trotz Anschubfinanzierung der Zentralschweizer Kantone und der Fachverbände als schwierig. Die Albert Koechlin Stiftung AKS finanziert im Rahmen des Projekts Transit 09 die Ausgabe Nummer 15. KARTON erscheint erstmals in Farbe. Kooperationen mit der IG Baukultur Obwalden (KARTON 17), mit dem KKL Luzern (KARTON 18), mit dem Gebietsmanagement Luzern Süd (KARTON 24, mit revidiertem Layout), mit Stadt und Kanton Zug (KARTON 25), mit dem Innerschweizer Heimatschutz (Sektion Nidwalden) und dem Architekturforum Uri (KARTON 26), mit der Denkmalpflege Kanton Nidwalden (KARTON 27) und der Stadt Sempach (KARTON 35) stellen die Finanzierung sicher. Der Heftumfang variiert je nach den zur Verfügung stehenden finanziellen Mitteln. Sonderausgaben erscheinen zu den Ausstellungen von Jo Ackermann in der Turbine Giswil (2012) und zur Architektur in Nidwalden im Salzmagazin Stans (2015).
2012 folgt Peter Bischof als Präsident von AFA auf Gerold Kunz. 2022 wird Andreas Gervasi AFA-Präsident. 2013 scheidet Sepp Rothenfluh aus der Redaktionskommission aus. Seinen Platz nimmt Cla Büchi von 2014 bis 2021 ein. Seit 2022 besteht die Redaktionskommission aus Yvonne Birkendahl, Martina Borner, Dieter Geissbühler und Peter Omachen. Die erste Website konzipiert Sepp Rothenfluh 2007 mit Bruno Jenni. André Schuler entwickelt zusammen mit Cla Büchi ein erstes Redesign. 2013 schliesst KARTON mit der ETH-Bibliothek eine Nutzungs-Vereinbarung ab.
Von 2011 bis 2015 veranstaltet KARTON in der von Konrad Weber geführten Buvette im Luzerner Inseli einen Speaker’s Corner. Die KARTON-Redaktion diskutiert mit Gäste über Fragen des Städtebaus, der Architektur und der Denkmalpflege. In der eng getakteten Veranstaltung steht das Mikrofon allen offen, die sich zu den Inhalten äussern wollen. 2015 kommen Studio Visits in drei Luzerner Architekturbüros dazu.
2013 wird KARTON mit dem mit 30‘000 Franken dotierten Lebensraum-Preis der Stiftung Quer ausgezeichnet, was der Redaktion ab Nummer 30 mehr inhaltliche Freiheiten erlaubt. Der SIA Zentralschweiz richtet ab 2016 einen jährlichen Beitrag aus. Pro Helvetia würdigt 2020 im Rahmen von «Architecture Matters» KARTON mit einem Betrag von 10‘000 Franken. Die Redaktion wird mit Gabriela Theiler, Christoph Bieri, Manuel Mendina Gonzàlez, Michael Meier und Raphael Wiprächtiger zum zweiten Mal erweitert. 2024 geht die neue Website (karton-magazin.ch) online, gestaltet von bergerberg und begleitet von Martina Borner, Raphael Wiprächtiger und Tino Küng. Ab Nummer 61 geht die Redaktionsleitung von Gerold Kunz an Christoph Bieri, Michael Meier und Raphael Wiprächtiger über.